Atacul a început în cabina de pilotaj, unde copilotul, un cetățean oman cu o vechime de mai puțin de un an la companie, l-a înjunghiat de mai multe ori pe căpitanul Smit Machchhar. În ciuda rănilor grave, pilotul indian a reușit să deschidă ușa cabinei, permițând echipajului și pasagerilor să intervină pentru a imobiliza agresorul.
În timpul haosului, aeronava a coborât rapid, pierzând aproximativ 5 300 metri altitudine în mai puțin de 120 de secunde. Un alt pilot a preluat ulterior controlul Boeing 737, reușind să aterizeze de urgență în orașul Tabuk, din Arabia Saudită.
Pasagerul Yaniv Hayun a descris momentul neutralizării atacatorului: „L-am văzut pe atacator la manșă, între cele două scaune. Ambele scaune ale piloților erau goale. L-am prins pe atacator, l-am imobilizat şi l-am scos mai întâu afară”. Acesta a adăugat că a intervenit ulterior pentru a prelua comenzile aparatului.
Oficialul Itamar Ben-Gvir a declarat că al doilea pilot a vrut să prăbușească aeronava pentru a „ucide 180 de israelieni aflați la bord”. Deși nu a fost confirmată o țintă exactă, s-a speculat că atacatorul ar fi vizat o clădire-turn din Tel Aviv.
