Procesul va avea loc la baza militară de la Guantanamo Bay, în Cuba, sub conducerea judecătorului Michael Schrama, locotenent-colonel în Forțele Aeriene. Procedura va debuta cu selecția juriului, format din membri ai serviciului militar, iar declarațiile de deschidere sunt programate să aibă loc la 30 de zile după această etapă.
Pe lângă Khalid Sheikh Mohammed, în fața instanței vor ajunge și co-acuzații Walid bin Attash, Mustafa al-Hawsawi și Ali Abdul Aziz Ali. Khalid Sheikh Mohammed a fost capturat în martie 2003 în Pakistan și transferat la Guantanamo Bay în septembrie 2006, după ce a fost ținut în închisori secrete ale CIA.
O nouă etapă a fost atinsă în iulie 2025, când o curte de apel americană a anulat acordurile de recunoaștere a vinovăției. Această decizie a blocat posibilitatea ca Mohammed și doi dintre co-acuzați să evite pedeapsa cu moartea.
Avocații apărării au contestat constant probele prezentate, susținând că mărturisirile au fost obținute prin tortură. „El este acuzat de crime de război și uciderea a 2.976 de persoane”, precizează documentele referitoare la acuzațiile din dosar.